Autoimmun betegségről akkor beszélnek, amikor az immunrendszer kóros, támadó jellegű immunválaszt indít a szervezetben normálisan is megtalálható valamilyen struktúra ellen. Megkülönböztetnek szerv-specifikus betegségeket, melyek egy adott szervre vagy szövetféleségre korlátozódnak (pl. autoimmun pajzsmirigygyulladás), illetve szisztémás autoimmun kórképeket, amikben különböző szervek, illetve szervrendszerek érintettek (pl. SLE). Az autoimmun kórképek a teljes lakosság kb. 7-8 százalékát érintik, a többségükre erős női dominancia jellemző (az összes beteg kb. 75 százaléka nő), sokszor fiatal, munkaképes korban jelennek meg. Kialakulásukban veleszületett genetikai hajlam és a környezeti tényezők együttes alakulásának van szerepe, pontos okuk azonban az esetek többségében ismeretlen. Gyakran halmozottan fordulnak elő, vagyis egy autoimmun betegségben szenvedő betegben bizonyos idő elteltével újabb ilyen kórkép jelenhet meg. Változatos tünettannal és jellemzően krónikus lefolyással rendelkeznek, némelyik az életet veszélyeztető szövődményekkel jár.
Az autoimmun betegségek véglegesen nem gyógyíthatók, azonban egyre hatékonyabban kezelhetők. Terápiájukra elsősorban az immunrendszert gyengítő gyógyszereket (immunszuppresszánsok) alkalmaznak. Az utóbbi időben számos célzott biológiai terápia is elérhetővé vált, melyek addig sokszor kezelhetetlennek tűnő kórképekben is hatásosnak bizonyultak. Mivel a kezelések sokszor meglehetősen drágák, és a betegségek általában egy életre elkísérik a benne szenvedőket, az autoimmun kórképek jelentős terhet rónak az egészségügyi ellátórendszerekre.
A limfociták keletkezése és érése közben mindig képződnek olyan sejtek (ún. autoreaktív limfociták), melyek saját antigéneket (autoantigének) képesek felismerni. A szervezetnek szüksége van tehát olyan mechanizmusokra, melyek megakadályozzák, hogy immunreakció induljon be az autoantigének ellen. Egy ilyen mechanizmus az immunológiai tolerancia, melynek során az immunrendszer „tolerálja“ a szervezet saját antigénjeit és nem indít ellenük immunválaszt.
Az immunrendszer különböző kontrollmechanizmusokkal biztosítja a immunológiai toleranciát. Centrális toleranciának nevezik azt a mechanizmust, amikor a sejtek érése során bizonyos autoantigéneket felismerő limfociták elpusztulnak. Ez a kontrollmechanizmus a primér immunszervekben történik, ez a B-sejtek esetén a csontvelő, a T-sejteknél pedig a tímusz. A csecsemőmirigyben az érésben lévő T-sejtek a szervezet legkülönbözőbb antigénjeivel is találkoznak, és azok a sejtek, melyek a saját struktúrát közepes erősséggel kötő T-sejt receptorral rendelkeznek, apoptózissal elpusztulnak (klonális deléció). A saját antigéneket nagy erősséggel kötő T-sejtek megmenekülnek az apoptózistól, belőlük a tímusz kérgi részében ún. természetes regulatórikus T-sejtek (nTreg) alakulnak ki, melyek az immunrendszer élettani szuppressziójában játszanak szerepet. Abban, hogy a tímuszban fejlődő T-sejtek a szervezet legkülönfélébb saját antigénjeivel is találkozzanak és ne csak a tímuszban előforduló struktúrákkal, az AIRE transzkripciós faktornak van szerepe, melynek hatására a tímuszban található hámsejtek a teljes genomból véletlenszerűen mutatnak be fehérjéket a felszínükön.[6]
Habár a centrális folyamat jól működik és fontos szerepet játszik az autoimmunitás elleni védekezésben, nem képes megakadályozni, hogy érett autoreaktív limfociták kerüljenek a perifériára. Ezeket az elszabadult autoreaktív limfocitákat normális esetben a perifériás tolerancia mechanizmusai teszik hatástalanná. A perifériás toleranciának három különböző fajtája van.
A B-limfociták hasonló toleranciára képesek. A perifériás tolerancia mechanizmusainak károsodása autoimmunitás kialakulásához vezethet.